Предыстория
Флорестан, испанский дворянин, обличил злоупотребления Дона Пизарро. В ответ Пизарро тайно упрятал его в тюрьму, которую сам возглавляет, и объявил погибшим. Жена Флорестана Леонора не верит в его смерть. Переодевшись в мужское платье и назвавшись Фиделио, она поступает на службу к тюремщику Рокко.
Действие первое
Привратник Жакино добивается внимания Марселины, дочери Рокко, но она отвечает холодно: её сердце занято новым помощником отца, Фиделио. Оставшись одна, Марселина мечтает о свадьбе и совместной жизни с ним.
Рокко возвращается вместе с Фиделио, которого он посылал в город за покупками. Рокко доволен работником и благосклонно смотрит на возможный брак дочери. Чувства четверых героев выливаются в квартет-канон: каждый поёт одну и ту же мелодию, но думает о своём. Рокко с юмором рассуждает о том, что без денег не бывает счастья.
Фиделио просит разрешить ему заходить в нижние камеры, где содержится узник, о котором никто ничего не знает. Рокко отказывает: допуск туда есть только у него самого и по приказу Пизарро. Однако Фиделио убеждает старика, что тот нуждается в помощнике.
Под звуки марша появляется Дон Пизарро с караулом. Из полученного письма он узнаёт, что министр Дон Фернандо собирается проверить тюрьму: в Севилье уже говорят о беззаконии. Чтобы скрыть следы, Пизарро решает немедленно избавиться от Флорестана. В арии он предвкушает расправу над врагом.
Пизарро приказывает Рокко убить узника. Рокко отказывается, ссылаясь на то, что никогда не проливал крови, и тогда Пизарро берёт убийство на себя: пусть Рокко лишь заранее выроет могилу в заброшенной цистерне. Леонора подслушивает разговор. В большой арии «Abscheulicher!» она проклинает злодея и заново обретает решимость, обращаясь к надежде и любви как к единственной опоре.
Леонора уговаривает Рокко выпустить заключённых во двор подышать воздухом. Узники медленно, робко выходят из камер и поют знаменитый хор «O welche Lust». Затем Рокко говорит Фиделио, что им предстоит рыть могилу; Леонора настаивает на том, чтобы помогать, хотя догадывается, для кого она предназначена. Увидев узников на свободе, Пизарро приходит в ярость, но Рокко ссылается на праздничный день. Узники возвращаются в камеры, и действие завершается угрожающими звуками оркестра.
Действие второе
В темноте Флорестан прикован к стене. Он вспоминает прошлое, жалуется на судьбу, но уверен, что поступал по совести. В экстазе ему видится Леонора как ангел, ведущий его к свободе. Изнеможённый, он погружается в сон.
Рокко и Фиделио спускаются в камеру, чтобы вырыть могилу. В мелодраме с оркестровыми паузами Леонора вглядывается в лицо узника и узнаёт мужа. Флорестан просит пить; Рокко даёт ему вина, а Леонора с разрешения тюремщика отдаёт ему кусок хлеба.
Появляется Пизарро. Он открывается Флорестану, называет своё имя и поднимает кинжал. Леонора заслоняет мужа: «Сначала убей его жену!» Она направляет на Пизарро пистолет. В этот момент за сценой раздаётся труба, возвещающая приезд министра. Пизарро в смятении уходит, а Флорестан и Леонора в упоении поют дуэт «O namenlose Freude».
Толпа и освобождённые узники собираются на площади. Дон Фернандо провозглашает, что жестокий произвол кончился. Он узнаёт в узнике своего друга Флорестана. Рокко рассказывает о подвиге Леоноры; Пизарро арестовывают. По слову министра цепи Флорестана снимает сама Леонора. Опера завершается хоровым гимном супружеской верности и торжеству справедливости.
В первых версиях оперы число действий и порядок картин были другими: см. историю создания.